В марте 2008 года на основании решения Совета депутатов сельского поселения Медвежье–Озёрское Щёлковского муниципального района Московской области № 52 от 15.02.2007г. было создано Муниципальное учреждение сельского поселения Медвежье Озёрское Физкультурно - спортивный клуб «Медвежьи Озёра» .
На основании Постановления Администрации сельского поселения Медвежье-Озерское «Об изменении типа существующих бюджетных учреждений» от 19.09.2011 года № 111
Муниципальное учреждение сельского поселения Медвежье-Озерское «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озера» (МУ СП Медвежье –Озерское «ФСК «Медвежьи Озера») изменено Муниципальное казенное учреждение сельского поселения Медвежье-Озерское «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озера» (МКУ СП Медвежье –Озерское «ФСК «Медвежьи Озера») с сохранением основных целей деятельности и штатной численности муниципальных казенных учреждений с 01.01.2012 года.
Муниципальное казенное учреждение сельского поселения Медвежье-Озерское «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озера» (МКУ СП Медвежье –Озерское «ФСК «Медвежьи Озера») переименовано 01.07.2019 г. в Муниципальное казённое учреждение городского округа Щёлково «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озёра» (МКУ ГОЩ «ФСК «Медвежьи Озёра»)
Муниципальное казённое учреждение городского округа Щёлково «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озёра» (МКУ ГОЩ «ФСК «Медвежьи Озёра») переименовано 01.01.2020г. в Муниципальное автономное учреждение городского округа Щёлково «Физкультурно-спортивный клуб «Медвежьи Озёра» (МАУ ГОЩ «ФСК «Медвежьи Озёра»)